|
|
Game Theory in Waste Management
Osička, Ondřej ; Vašík, Petr (oponent) ; Hrdina, Jaroslav (vedoucí práce)
In this thesis, a game-theoretic model representing a decision-making situation in the waste management is created as a noncooperative game representing the conflict of waste processors and a cooperative game representing the conflict of waste producers. For the conflict of waste processors, the Nash equilibria are used to find stable strategies on gate fee values, which serve as a good prediction for the future. To specify the strategy sets, a lower bound and an upper bound are determined. For the conflict of waste producers, assuming a cooperation among all of them, a cost distribution is determined using the Shapley value and the nucleolus. For more producers, approximation algorithms for the Shapley value and the nucleolus are developed. These algorithms are based on an assumption that distant producers can not influence each other. The model is applied to a situation in the Czech Republic. For the conflict of waste processors, one Nash equilibrium is found. For the conflict of waste producers, some producers with high potential in cooperation are recognized.
|
|
|
Role of the WIP1 phosphatase in the nucleolus
Palková, Natálie ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Sztacho, Martin (oponent)
Protein fosfatáza 2C delta (známá jako WIP1) je důležitým negativním regulátorem signalizace odpovědi buňky na poškození DNA (DDR). Jako protein vázaný na chromatin defosforyluje, a tedy inaktivuje ATM kinázu a transkripční faktor p53. Zvýšená exprese WIP1 potlačuje funkci tumour supresoru p53 a přispívá k rozvoji řady nádorových onemocnění včetně nádorů prsu a mozku. V posledních letech bylo ukázáno, že WIP1 může regulovat rovněž buněčné procesy, které nejsou přímo spojeny s DDR, jako je například zajištění stability telomer. Alternativní funkce proteinu WIP1 však nebyly dosud plně pochopeny. V této práci jsme popsali novou roli proteinu WIP1 v jadérku, organele zodpovědné za produkci ribozomů. Zjistili jsme, že WIP1 asociuje s mnoha jadérkovými proteiny, a pomocí delečních mutant jsme identifikovali jadérkovou lokalizační sekvenci (NoLS) na C-konci proteinu. Pomocí super-rezoluční mikroskopie jsme identifikovali lokalizaci WIP1 fosfatázy ve fibrilárních centrech jadérka . Za použití inducibilního Cas9 systému pro generování dvouřetězcových zlomů v rDNA jsme dále zjistili, že WIP1 ovlivňuje akumulaci faktorů zajišťujících opravu poškození DNA. Analýza založená na kvantitativní mikroskopii ukázala, že aktivita WIP1 má vliv také morfologii jadérka. Na základě našich výsledků usuzujeme, že WIP1...
|
|
|
Cell response to genotoxic stress-based anti-cancer therapies
Imrichová, Terezie ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Rossmeislová, Lenka (oponent) ; Rotrekl, Vladimír (oponent)
Tato práce se zabývá buněčnou odpovědí na genotoxický stres; konkrétně odpovědí na protinádorovou léčbu s genotoxickým mechanismem účinku. Buněčná odpověď může mít některý z následujících průběhů: v případě závažného poškození DNA buňky většinou podstoupí apoptózu nebo vstoupí do senescence. Pokud je poškození méně závažné nebo pokud buňkám nefungují kontrolní mechanismy, mohou tyto pokračovat v buněčném cyklu, ať už s úspěšně opravenou nebo s mutovanou DNA. Díky selekčnímu tlaku se v buňkách hromadí ty mutace, které jim poskytují určitou růstovou výhodu v podmínkách trvajícího genotoxického stresu a buňky se postupně stávají rezistentními. Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na několik aspektů celého výše popsaného procesu. V prvním projektu, kterého jsem se zúčastnila, bylo mým úkolem charakterizovat populaci radiorezistentních a anoikis-rezistentních buněk karcinomu prostaty. Tato populace byla získána po ozáření buněk 35 dávkami 2 Gy, což je režim běžně používaný v klinické praxi. Po takovémto ozařovacím procesu se objevila populace buněk s nízkou adhezí, která vykazovala zvýšenou expresi mezenchymálních a kmenových markerů. Nízká adhezivita těchto buněk byla vyvolána signální dráhou proteinu Snail a jejich resistence vůči anoikis byla umožněna díky signalizaci ERK1/2. Zjistili jsme, že po...
|
|
|
Replikace a transkripce nukleolární DNA
Flusser, Michal ; Smirnov, Evgeny (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Jadérko je nejvýznamnější částí buněčného jádra a je místem, kde je ribosomální RNA (rRNA) syntetizována, zpracovávána a spojena s ribosomálními proteiny. Přestože bylo jadérko studováno po mnoha desetiletí, je jeho strukturální a funkční organizace stále nejasná. Například, není známa role různých typů DNA, které se účastní tvorby jadérek společně s ribosomálními geny. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky a názory týkající se jadérka, se zaměřením na dva syntetické procesy, a to replikaci a transkripci v savčích buňkách. Specifické rysy těchto procesů v souvislosti s nukleolární ultrastrukturou zůstávají nevyřešeným problémem moderní molekulární biologie.
|
|
|
Úloha nádorového supresoru PML v jadérkových funkcích
Kučerová, Alena ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Stejskalová, Eva (oponent)
Buněčné jádro je složitá struktura složená z jednotlivých částí, mezi důležité jaderné kompartmenty patří jadérko a jaderná tělíska PML. Jadérko je místem, kde dochází k transkripci ribozomální DNA a k tvorbě ribozomů. Skrz regulaci množství ribozomů může jadérko regulovat expresi proteinů a tím i následný buněčný růst. Jadérko je také místem, které působí jako stresový senzor. Jaderná tělíska PML hrají důležitou roli v řadě buněčných procesů - reakce na stres, virovou infekci či poškození DNA. Jaderná tělíska PML jsou tvořena celou řadou proteinů, hlavním proteinem je protein PML (Promyelotic leukemia protein). Protein PML je kódovaný genem PML, postranskripčním sestřihem vzniká několik jeho izoforem. Protein PML je významným buněčným regulátorem a také nádorovým supresorem. Jadérko a protein PML spolu kooperují a mají mezi sebou funkční vztah, který ale není doposud zcela jasný. Bylo prokázáno, že po působení některých stresových faktorů mění protein PML svoji lokalizaci a přechází k jadérku či do jadérka a to zejména u primárních buněk (to souvisí pravděpodobně s tím, že v nádorových buňkách je snížená hladina PML). Vztah jadérka a proteinu PML je důležitý při odpovědi buněk na stres. Klíčová slova: jadérko, ribozomální biosyntéza, jadérko jako stresový senzor, jaderná tělíska PML, protein PML,...
|
|
|
Study of the organization and dynamics of the membraneless cell compartments
Blažíková, Michaela
doktorské práce Název práce: Studium organizace a dynamiky bezmembránových buněčných kompartmentů Autor: Michaela Blažíková Ústav: Univerzita Karlova v Praze, Matematicko-fyzikální fakulta, Fyzikální ústav UK Vedoucí práce: Doc. RNDr. Petr Heřman, CSc., Univerzita Karlova v Praze, Matematicko-fyzikální fakulta, Fyzikální ústav UK Abstrakt Eukaryotické buňky obsahují množství organel a specifických tělísek. Kromě organel ohraničených membránou jako je např. buněčné jádro, mitochondrie nebo Golgiho aparát, jsou v buňkách i strukturně a funkčně rozlišené bezmembránové struktury. Tato práce se zabývá samo- organizačními procesy, tj. procesy nevyžadujícími specifické interakce, bezmembránových struktur v jádře, cytoplazmě a plasmatické membráně savčích buněk a kvasinek. Konkrétně se jedná o výzkum formace jadérek a Cajalových tělísek v savčím buněčném jádře a processing bodies (P-bodies) v cytoplasmě savčích buněk. Byla též studována organizace MCC domén v plasmatické membráně kvasinek (Membrane compartment of Can1). Bylo ukázáno, že nespecifické interakce v důsledku molekulárního crowdingu mohou být jednou z hlavních hnacích sil formování a stabilizace těchto vysoce dynamických struktur.
|
|
|
Cell response to genotoxic stress-based anti-cancer therapies
Imrichová, Terezie ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Rossmeislová, Lenka (oponent) ; Rotrekl, Vladimír (oponent)
Tato práce se zabývá buněčnou odpovědí na genotoxický stres; konkrétně odpovědí na protinádorovou léčbu s genotoxickým mechanismem účinku. Buněčná odpověď může mít některý z následujících průběhů: v případě závažného poškození DNA buňky většinou podstoupí apoptózu nebo vstoupí do senescence. Pokud je poškození méně závažné nebo pokud buňkám nefungují kontrolní mechanismy, mohou tyto pokračovat v buněčném cyklu, ať už s úspěšně opravenou nebo s mutovanou DNA. Díky selekčnímu tlaku se v buňkách hromadí ty mutace, které jim poskytují určitou růstovou výhodu v podmínkách trvajícího genotoxického stresu a buňky se postupně stávají rezistentními. Ve své dizertační práci jsem se zaměřila na několik aspektů celého výše popsaného procesu. V prvním projektu, kterého jsem se zúčastnila, bylo mým úkolem charakterizovat populaci radiorezistentních a anoikis-rezistentních buněk karcinomu prostaty. Tato populace byla získána po ozáření buněk 35 dávkami 2 Gy, což je režim běžně používaný v klinické praxi. Po takovémto ozařovacím procesu se objevila populace buněk s nízkou adhezí, která vykazovala zvýšenou expresi mezenchymálních a kmenových markerů. Nízká adhezivita těchto buněk byla vyvolána signální dráhou proteinu Snail a jejich resistence vůči anoikis byla umožněna díky signalizaci ERK1/2. Zjistili jsme, že po...
|
|
|
Study of the mechanism of gene expression regulation at the level of functional organization of chromatin domains.
Hornáček, Matúš ; Cmarko, Dušan (vedoucí práce) ; Kučera, Tomáš (oponent) ; Stixová, Lenka (oponent)
- 1 - ABSTRAKT Jadérka (nucleoli) se vytvářejí na základě aktivity genů ribozomální DNA (rDNA), nazývaných Nucleolus Organizer Regions (NOR). Základní komponenty jadérek, fibrilární centra (FC) a denzní fibrilární komponenty (DFC) společně tvoří takzvané FC/DFC jednotky. Tyto jednotky jsou centry transkripce rDNA pomocí RNA polymerázy I (pol I), stejně jako raného procesingu, ve kterém hraje podstatnou roli protein fibrilarin. Každá FC/DFC jednotka pravděpodobně odpovídá jedinému transkripčně aktivnímu genu. V naší práci jsme studovali morfologicko-funkční změny FC/DFC jednotek v průběhu buněčného cyklu. Analýza pomocí korelativní světelné a elektronové mikroskopie prokázala, že pozitivní signály pro polymerázu I a fibrilarin v nukleárních kuličkách odpovídají jednotlivým FC/DFC jednotkám. Pozorování in vivo prokázala, že v časné S fázi, když byly replikovány transkripčně aktivní ribosomální geny, se počet jednotek v každé buňce zvýšil o 60 až 80 %. Během tohoto období jednotky přechodně ztratily pol I ale ne fibrilarin. Poté se až do konce interfáze počet jednotek nezměnil a jejich duplikace se dokončila až po rozdělení buněk v polovině G1 fáze. Tento zvláštní způsob reprodukce naznačuje, že značná podskupina ribozomálních genů zůstává transkripčně tichá od interfáze až po mitózu, ale opět se aktivuje v...
|
|
|
Analýza vlivu mutací v C-terminální doméně na vnitrobuněčnou lokalizaci nukleofosminu
Kráčmarová, Markéta ; Brodská, Barbora (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Mutace v C-koncové ásti genu pro nukleofosmin (NPM) pat í mezi asté genetické aberace u nemocných s akutní myeloidní leukémií (AML). Ve své práci jsem se zam ila na charakterizaci C-terminálních mutací typu A, B a E u onemocn ní AML. Za ú elem sledování lokalizace a chování tohoto proteinu byly zkonstruovány t i vektory nesoucí gen pro NPM s jednotlivými mutacemi a jeden vektor s intaktním genem pro NPM. K produkci rekombinantních protein byly zvoleny t i sav í expresní systémy bun ných linií HEK293T, HeLa a NIH 3T3. Fluorescen ní mikroskopií a nep ímou imunodetekcí byla popsána vnitrobun ná lokalizace mutovaných forem NPM (mutNPM). MutNPM typu A a B vykazovaly tém identickou, p evá n cytoplazmatickou lokalizaci, zatímco mutNPM typu E byl p ítomný v jadérku i cytoplazm sou asn . Lokalizace jednotlivých mutovaných forem v ak byla výrazn ovlivn na pou itou bun nou linií. Bylo prokázáno, e exogenní a endogenní NPM spolu interagují a skrze oligomerizaci vzájemn ovliv ují svoji vnitrobun nou lokalizaci. Studium genetických aberací má význam nejen pro klasifikaci nemocných do jednotlivých prognostických skupin, ale také v objasn ní patogeneze nádorových onemocn ní. Analýza vztahu mezi typem mutace a lokalizací mutovaného NPM pomáhá porozum t vlivu konkrétní mutace NPM na vznik a progresi AML a specifikovat její...
|
|
|
Úloha nádorového supresoru PML v jadérkových funkcích
Kučerová, Alena ; Hodný, Zdeněk (vedoucí práce) ; Stejskalová, Eva (oponent)
Buněčné jádro je složitá struktura složená z jednotlivých částí, mezi důležité jaderné kompartmenty patří jadérko a jaderná tělíska PML. Jadérko je místem, kde dochází k transkripci ribozomální DNA a k tvorbě ribozomů. Skrz regulaci množství ribozomů může jadérko regulovat expresi proteinů a tím i následný buněčný růst. Jadérko je také místem, které působí jako stresový senzor. Jaderná tělíska PML hrají důležitou roli v řadě buněčných procesů - reakce na stres, virovou infekci či poškození DNA. Jaderná tělíska PML jsou tvořena celou řadou proteinů, hlavním proteinem je protein PML (Promyelotic leukemia protein). Protein PML je kódovaný genem PML, postranskripčním sestřihem vzniká několik jeho izoforem. Protein PML je významným buněčným regulátorem a také nádorovým supresorem. Jadérko a protein PML spolu kooperují a mají mezi sebou funkční vztah, který ale není doposud zcela jasný. Bylo prokázáno, že po působení některých stresových faktorů mění protein PML svoji lokalizaci a přechází k jadérku či do jadérka a to zejména u primárních buněk (to souvisí pravděpodobně s tím, že v nádorových buňkách je snížená hladina PML). Vztah jadérka a proteinu PML je důležitý při odpovědi buněk na stres. Klíčová slova: jadérko, ribozomální biosyntéza, jadérko jako stresový senzor, jaderná tělíska PML, protein PML,...
|
host ::
RSS.